Komisi ini mengkoordinir aktivitas pendanaan seluruh kegiatan PAKSU, memonitor masuk dan keluarnya dana. Untuk pemasukan secara keseluruhan berasal dari jemaat dalam hal ini anggota dan juga pihak yang terbeban akan pelayan PAKSU. Mekanismenya, komisi dana mensharingkan kebutuhan dana PAKSU kepada para donator. Untuk keluarnya dana dibagi atas tiga pos yaitu : dana medan, operasional, sekretariat dan peralatan.