Agustus 1989 Beberapa alumni Pelayanan Kristen yang berasal dari Medan; Mangasi Tarigan, Dame Purba, dan Ratnawati Tarigan (alumni Pelmakris UDA) mengadakan pertemuan untuk mendukung study hamba Tuhan yang kuliah di STII Yogyakarta sekaligus mengadakan PA dan Jam Doa. Mereka memiliki kesatuan pandangan bahwa jikalau mereka tidak berkumpul untuk saling menguatkan dan mendukung satu dengan yang lainnya di dalam doa, maka mereka akan sangat kesulitan untuk menghadapi tantangan dunia alumni yang sedemikian kompleks. Pada waktu itu, Perkantas dan persekutuan kampus seperti KMK dan Pelmakris baru mulai didirikan di Medan, yaitu pada tahun 1988. Semangat persekutuan masih terasa pada para alumni saat mereka tiba di Jakarta.
September 1989 Romulus Tambunan (mantan ketua Pelmakris UDA) dan istri ikut bergabung setelah pindah ke Jakarta. Semenjak itu, pertemuan dilakukan setiap bulan dan anggota yang ikut semakin bertambah banyak.
Awal 1990 Beberapa alumni baru bergabung dengan persekutuan ini, antara lain: Armand Barus (alumni FT USU), Jalontar Butar-butar (alumni FT USU), Saut (alumni IKIP), Martin Sinaga (alumni FE Nomensen) dan Angelina Tampubolon (alumni FED3 USU). Sekitar Oktober 1990, Almen Pasaribu dan Anita (alumni FISIP UDA) ikut bergabung.
Tahun 1991 Kepengurusan PAKSU terbentuk dengan ketua pertama Almen Pasaribu (Fisipol UDA). Seterusnya, anggota PAKSU semakin bertambah dari tahun ke tahun. Kegiatan PAKSU pada saat itu adalah kebaktian bulanan, jam doa dan KTB. Kegiatan ini berlangsung selama beberapa periode pelayanan. Jam doa Pengurus yang diadakan dengan berpindah pindah tempat/rumah karena belum adanya satu tempat yang tetap yang dapat dipakai sebagai rumah Persekutuan.
Tahun 1991 Tujuan PAKSU dibentuk, yaitu: – memelihara persekutuan para alumni dengan Tuhan, – wadah informasi khususnya bagi alumni yang baru datang ke Jakarta, – mendukung alumni yang sekolah Alkitab secara finansial dan mendukung pelayanan Medan. Dan dengan Misi yaitu; – mendukung pelayanan alumni Medan, – menjadi wadah persekutuan bagi alumni Medan dan – untuk menjalankan amanat agung Tuhan Yesus.
Tahun 1992 Kepengurusan Periode 2 dipimpin oleh Almen Pasaribu (Fisipol UDA)
Tahun 1993 Kepengurusan Periode 3 dipimpin oleh Almen Pasaribu (Fisipol UDA)
Tahun 1994 Kepengurusan Periode 4 dipimpin oleh Almen Pasaribu (Fisipol UDA)
Tahun 1995 Kepengurusan Periode 5 dipimpin oleh Jordan Purba (FH-USU) dengan wakilnya Hatorangan Panjaitan. Pada tahun ini pengiriman dana untuk mendukung pelayanan Medan mulai dilaksanakan walau belum teratur.
Tahun 1996 Kepengurusan Periode 6 dipimpin oleh Jordan Purba (FH-USU) dengan wakilnya Hatorangan Panjaitan.
Tahun 1997 Kepengurusan Periode 7 dipimpin oleh Tri Nilasari Sitompul (FE-UDA)
Tahun 1998 Kepengurusan Periode 8 dipimpin oleh Heppy Tambunan (FE-USU)
Tahun 1999 Kepengurusan Periode 9 dipimpin oleh Heppy Tambunan (FE-USU) dengan wakilnya Jadi Manurung. Pada tahun ini untuk pertama kali PAKSU menyewa sebuah rumah di Jalan Pramuka Jakarta Timur yang dipakai sebagai rumah persekutuan yang tetap.
Tahun 2000 Kepengurusan Periode 10, Januari – Juni 2000 dipimpin oleh Manghirim Tobing (FP-USU) dan Juni 2000 Gembira Simbolon (FT-USU). Pada tahun ini rumah persekutuan pindah ke Jl. Biru Laut, Jakarta Timur
Tahun 2001 Kepengurusan Periode 11 dipimpin oleh Gembira Simbolon (FT-USU) dengan wakilnya Heyke Momongan. Pada tahun ini visi PAKSU dirumuskan, yaitu: “Menghasilkan Alumni yang Hidup dalam Iman dan Integritas Kristen yang Tangguh”.
Tahun 2002 Kepengurusan Periode 12 dipimpin oleh Gembira D Simbolon (FT-USU) dengan wakilnya Heyke Momongan. Rumah persekutuan pindah ke Jalan Sutomo II No. 46 Jakarta Timur. . PAKSU membuat target untuk dapat memberikan Rp 2.5 juta per bulan untuk pelayanan di Medan.
Tahun 2003 Kepengurusan Periode 13 dipimpin oleh Reston Sitorus (FP-USU) dengan wakilnya Purwanto Siagian
Tahun 2004 Kepengurusan Periode 14 dipimpin oleh Reston Sitorus (FP-USU) dengan wakilnya Lower Bosman Tinambunan
Tahun 2005 Kepengurusan Periode 15 dipimpin oleh Midian Sirait (FMIPA-USU) dengan wakilnya Dame Reiny Manalu (FE-USU)
Tahun 2006 Kepengurusan Periode 16 dipimpin oleh Midian Sirait (FMIPA-USU) dengan wakilnya Dame Reiny Manalu (FE-USU)

Periode kepengurusan PAKSU berubah dari 1 tahun menjadi 2 tahun, dimulai Tahun 2007

Tahun 2007-2008 Kepengurusan Periode 17 dipimpin oleh Marolop Nainggolan (FE-USU) dengan wakilnya Milda E. Lase

Tahun 2007:  PAKSU mengadakan perayaan HUT perdana dan menetapkan hari lahir PAKSU pada minggu ke-3 September 1992)

Tahun 2009-2010 Kepengurusan Periode 18 dipimpin oleh Marolop Nainggolan (FE-USU) dengan wakilnya Lena Silitonga.

Tahun 2009 : – Dibentuk Tim Pengembangan PAKSU, Dihasilkan Renstra (Rencana Strategis) PAKSU: Legalitas PAKSU, Sekretariat, MT, Terlibat Isu Sosial, Full Timer, Relief Community Development, jejaring dll

  • Penambahan Visi dan Misi PAKSU (Implementasi dari renstra)

Tahun 2010 : – Mission Trip PAKSU di Mulai Daerah Garoga (Parsorsoran & Simataniari)

  • Pembentukan Komisi MT, Pemberdayaan & Kominfo (Dimulai Tahun 2011)

Pembentukan Tim Badan Hukum PAKSU

Tahun 2011-2013 Kepengurusan Periode 19 dipimpin oleh Esramia Manurung (UNIMED) dengan wakilnya Priska Pasaribu
Tahun 2013-2015 Kepengurusan Periode 20 dipimpin oleh Taruli Basa Hutagaol (M.Min – STT Jakarta) dengan wakilnya Riama Warni Purba

Tahun 2013 : Sekretariat Pindah ke Condet ; Pembentukan Tim Dana Rumah Persekutuan

Tahun 2014 : Sekretariat Pindah Ke Sutomo III

Tahun 2015-2017 Kepengurusan Periode 21 dipimpin oleh Marolop Nainggolan (FE-USU) dengan wakilnya Agustina Sibuea

Tahun 2016 : Penyelesaian AD/ART Yayasan PAKSU (Pembubaran Tim Badan Hukum)

Tahun 2017-2019 Kepengurusan Periode 22 dipimpin oleh Novalina Sinaga (FMIPA-UNIMED) dengan wakilnya Hendro Lumbantoruan (FT-POLMED) dan sekretaris-bendahara Saktien Silalahi (FE-UNIMED)

Tahun 2017 : PAKSU menjadi Yayasan PAKSU

Tahun 2019-2021 Kepengurusan Periode 23 dipimpin oleh Hendro Lumbantoruan (FT-POLMED) dengan wakilnya Faisal Sibuea (FMIPA-USU) dan sekretaris-bendahara Emeksi Sitorus (FE-UDA)